インボイス制度が個人事業主に与える影響や登録方法を分かりやすく解説
2023年10月のインボイス制度のスタートは、個人事業主に大きなインパクトを与えました。
大きな話題となったインボイス制度のスタートから2年半以上が経過した今、制度スタート当初とは事業の状況が変わってきた個人事業主の方もいるのではないでしょうか?
また、個人事業主として新たにビジネスを始めようとしている方も、インボイス制度が事業にどのように影響を与えるのかを把握しておきたいところでしょう。
そこで今回は、個人事業主として事業を続ける際にインボイス制度が事業に与える影響やインボイス発行事業者の登録方法、課税事業者になった場合の消費税の計算方法などについて解説します。

01インボイス制度の概要
まずは、インボイス制度とはどのような制度なのか、インボイス制度の概要から確認していきましょう。
インボイス制度とは
インボイス制度とは、2023年10月1日から導入された消費税の仕入税額控除方式のことです。正式名称を「適格請求書等保存方式」といいます。
消費税の課税事業者は、消費税の納税をする際に、サービスや商品の提供時に顧客から預かった消費税から仕入や経費などで支払った消費税を差し引いて納税額を計算しています。この仕組みを「仕入税額控除」といいます。仕入税額控除は、消費税の二重課税を防ぎ、事業者の納税負担を適正に保つために導入された制度です。
インボイス制度の開始に伴い、仕入税額控除をする際の条件は厳格化されました。買い手側が消費税の仕入税額控除を受けるためには、適用税率や税額などを記載した売り手側が発行するインボイスの保存が義務づけられたのです。
インボイス制度のスタートによって、仕入税額控除を適用するには、原則としてインボイスの発行ができる課税事業者との取引が必要になったと言い換えることもできるでしょう。課税事業者がインボイスを発行できない免税事業者と取引をした場合、仕入税額控除ができないため、消費税の納税額が増加することとなったのです。
インボイス制度が導入された背景
インボイス制度導入の背景には消費税の税率引き上げと軽減税率の導入が関係しています。2019年10月から消費税は、標準税率10%と軽減税率8%という2つの税率が混在するようになりました。これにより、取引ごとに、どちらの税率が適用されているのか、また税額がいくらになるのか、正しい納税額の計算が難しくなったのです。
納税額の計算が複雑になることで、計算ミスが生じやすくなると、正しい納税を実現できません。そこで、複数税率に対して正確に対応するため、取引ごとに適用される税率と税額が明確に記載されたインボイス制度が導入されたのです。
また、買い手と売り手の税率の認識が一致していない場合、10%の消費税を預かったものを8%で申告するといった不正が起きるおそれも考えられます。インボイス制度の導入には、複数税率を利用した不正を防ぐ意味合いもあるといわれています。
インボイスの記載事項
インボイスには記載すべき事項が決められています。個人事業主がインボイス発行事業者になった場合も、必要事項を記載し、ルールにのっとったインボイスの発行が必要となります。
インボイスに記載が必要な項目は以下の6つです。
- 適格請求書発行事業者の氏名または名称、登録番号
- 取引をした年月日
- 取引内容
- 適用した税率と税率ごとの合計金額(税抜価格または税込価格)
- 税率ごとの消費税の額
- インボイスの交付を受ける事業者の氏名または名称
ただし、不特定多数の顧客を対象とした事業を営む事業者については、簡易インボイスの発行が認められています。簡易インボイスの場合は、上記の6に示したインボイスの交付を受ける事業者の氏名または名称の記載が不要です。また、消費税額または適用税率のいずれか一方の記載だけで問題ありません。
簡易インボイスの発行が認められるのは、スーパーやコンビニなどの小売業、飲食店業、タクシー業など、不特定多数の顧客と取引をする事業です。
02インボイス制度が個人事業主にもたらす影響
インボイス制度は、個人事業主に多大な影響をもたらしています。特に、消費税の免税事業者として事業を営んできた、または営んでいる個人事業主は、インボイス制度の開始によってさまざまな変更が生じる点を理解しておく必要があります。
インボイス制度が個人事業主に与える主な影響は次のとおりです。
インボイス発行事業者としての登録が必要
インボイスを発行するためにはインボイス発行事業者として登録をしなければなりません。インボイスには、Tから始まるインボイス登録番号が必要であり、登録番号を取得するためには登録手続きが必要です。
消費税の納税義務が生じる
インボイス発行事業者として登録するということは、消費税の課税事業者になるということと同義です。個人事業主の場合、前々年の課税売上高が1,000万円以下であれば、消費税の納税義務は生じません。しかし、インボイス発行事業者に登録をすると、たとえ売上が1,000万円以下でも消費税の納税が必要になります。
これまで消費税の納税義務が免除されていた場合は、インボイス発行事業者の登録をすることで実質的に納税の負担が増えることになるのです。
取引先が減少するリスク
インボイス発行事業者としての登録は任意です。しかし、インボイスを発行できない免税事業者との取引は、課税事業者にとって仕入税額控除ができないという不利益を招きます。そのため、課税事業者はインボイス発行事業者との取引を優先したいと考えるでしょう。その結果、インボイス発行事業者として登録しないまま免税事業者として事業を続ける場合、取引先から敬遠され、売上が減少するおそれが出てきます。
また、インボイス発行事業者への登録を迫られるケースや消費税分の値引きを求められるケースも出てくると考えられます。
税区分を意識した帳簿づけが必要
免税事業者の場合、経費を記帳する際に消費税を区分する必要はありません。しかし、インボイス発行事業者になると、消費税の課税事業者となるため、記帳の際には10%と8%の税率に分け、さらに、不課税や非課税も区分しなければなりません。また、取引先がインボイスの発行をしているかどうかによって仕入税額控除の可否が変わってくるため、インボイスのない免税事業者との取引は別に管理する必要も出てきます。
税区分を意識した帳簿づけが求められるため、インボイス発行事業者になると仕訳の負担も増加するでしょう。
消費税の確定申告が必要になる
インボイス発行事業者になると、所得税の確定申告だけでなく、消費税の確定申告も必要になります。所得税の確定申告期間は原則として翌年2月16日から3月15日までですが、消費税の確定申告は課税期間の翌年1月4日から3月31日までに行う必要があります。
申告期間がほぼ重なっており、この間に2つの申告書を作成し、提出しなければならないとなると、経理担当者が在籍していない場合、個人事業主にかかる負担は非常に大きくなります。
03インボイス制度に登録すべき個人事業主とは
現在、免税事業者として事業を営んでいる個人事業主の方やこれから創業を予定している方の中には、インボイス発行事業者として登録をすべきかどうか悩むケースもあるでしょう。
では、インボイス発行事業者として登録すべきかどうかは、どのような軸を基準に判断すればよいのでしょうか。ポイントとなるのは、売上金額と主な取引先です。
売上1,000万円を超える可能性が高い
課税売上高が1,000万円を超えると、翌々年から消費税の課税事業者となります。インボイス発行事業者の登録は、義務ではありません。そのため、たとえ課税売上高が1,000万円を超え、課税事業者となった場合でも、インボイス制度に必ず登録する必要はありません。
しかし、消費税の課税事業者となってもインボイス制度に登録しない場合、インボイスを発行できないため、課税事業者からは取引を敬遠されるおそれがあります。そのため、今後、売上高が1,000万円を超える見込みがあるのであれば、インボイス発行事業者として登録をしておいたほうが、ビジネスの拡大につながりやすいと考えられます。
取引先の中心が課税事業者である
法人の中には、取引相手を法人に限定しているケースも見られます。それは、個人事業主の場合、法人に比べて資金力が低いことや組織ではなく事業主を中心に運営されていることから、経営的に不安定とみなされやすい傾向があるためです。そのような理由から個人事業主との取引を制限する法人が見られる中、インボイス制度のスタートはより個人事業主に不利な状況を作り出しました。
インボイスの発行ができない免税事業者と取引をすると、課税事業者は消費税の仕入税額控除を受けられないため、その分税負担が増加し、実質的な利益は低下します。そのため、インボイスの発行ができる事業者との取引を優先する傾向が見られます。したがって、取引の中心が課税事業者である場合は、インボイス発行事業者として登録したほうが、ビジネスチャンスを逸するリスクを抑えられるでしょう。
04インボイス制度への登録を見送ってもよい個人事業主とは
インボイスの発行事業者として登録したほうがメリットを得られる個人事業主がいる一方で、インボイス発行事業者としての登録をせず、免税事業者として事業を継続したほうがよい個人事業主もいます。
免税事業者として事業を続けても問題ない個人事業主は、次のようなケースです。
一般消費者との取引が中心の場合
取引先に法人が少なく、一般消費者との取引が中心になる事業であればインボイス発行事業者として登録しても大きなメリットは得られません。具体的には、美容院や理容店、ネイルサロン、エステサロン、マッサージ店などでは、課税事業者から仕入を行う可能性はあるものの、顧客からインボイスの発行を求められる可能性は低くなります。そのほか、学習塾や音楽教室、ヨガスタジオなどを運営しているような場合も法人との取引は少ないため、インボイスの発行機会はあまりないと考えられます。
このような場合、インボイスの発行事業者として登録すると、かえって消費税の納税が求められ、複雑な仕訳や消費税の確定申告も必要となります。そのため、インボイス発行事業者の登録は見送ったほうが賢明でしょう。
事務負担の増加がメリットを上回る場合
事務の負担は、長期的な目で見ればコストとなります。なぜなら、事務に時間をかけることで本業に割ける時間は減少するからです。インボイスの発行事業者として登録すると、インボイスの発行や保存、消費税の申告などの事務負担が増加します。課税売上高が1,000万円を大きく下回り、課税事業者からの値下げ交渉を受け入れても事務負担を軽減すればメリットが大きいと判断できる場合は、無理にインボイス発行事業者として登録する必要はありません。
05インボイス制度の登録方法
インボイス発行事業者として登録する方法は、スマートフォンやパソコンからオンラインで申請する方法と書面で申請する方法があります。
e-Taxでの登録申請
インボイス発行事業者の登録手続きは、e-Taxソフトまたはe-Taxソフト(WEB版)で行うことができます。個人事業主の場合、ダウンロードが不要なe-Taxソフト(WEB版)を利用すると、パソコンだけでなく、スマートフォンやタブレットからの申請も可能です。
また、個人事業主の場合、申請にあたってはマイナンバーカードの準備が必要になります。
e-Taxソフトでは、提出先の税務署や作成帳票の選択、氏名や納税地の入力など、画面の指示に従いながら該当する項目の選択や入力をしていくことで、登録申請ができます。
申請後、税務署内で内容の確認が行われ、問題なく登録が認められると、e-Taxのメッセージボックスに適格請求書発行事業者登録番号が記載された通知書が届きます。
e-Taxで登録申請をすると、紙の申請よりも早く登録が完了し、メッセージボックスに登録番号が通知されるため、通知書の紛失リスクなどを抑えられて便利です。
書面での登録申請
インボイスの登録申請は、書面を郵送で提出することでも行えます。提出に必要な書類は「適格請求書発行事業者の登録申請書」です。様式は、国税庁のホームページからダウンロードできます。
国税庁:「D1-64 適格請求書発行事業者の登録申請手続(国内事業者用)」
また、新たに事業を開始した事業者であるか、すでに課税事業者であるかなど、状況に応じて記載方法が異なるため、ケース別の登録申請書の書き方を示したフローチャートで、詳しい記入方法を確認しておくと安心です。
国税庁:「ケース別登録申請書(フローチャート)個人事業者・法人用(PDF/5,131KB)」
提出先は、納税地を管轄するインボイス登録センターです。インボイス登録センターの住所についても、国税庁のホームページから確認できます。
国税庁:「各局(所)インボイス登録センターのご案内」
なお、書面での登録申請の場合は、書面で登録番号が通知されます。登録番号が記載された登録通知書は再発行されないため、適切に保管しておくようにしましょう。また、e-Taxによる登録申請では登録通知までにかかる時間は約1カ月ですが、書面の場合は少し時間がかかり、約1.5カ月後に登録通知が届きます。
06個人事業主がインボイス制度に登録した場合に利用できる制度と経過措置
インボイス制度の開始に伴い、免税事業者である個人事業主にはさまざまな影響が生じます。そのため、個人事業主の取引を保護する目的と買い手側である課税事業者の税負担を軽減する目的で、さまざまな経過措置が用意されています。
簡易課税制度
インボイス発行事業者の登録をし、消費税の課税事業者になった場合、消費税の確定申告をして消費税を納税しなければなりません。消費税の納付額の計算方法には、本則課税と簡易課税があります。
本則課税は、売上の際に預かった消費税から仕入や経費にかかった消費税を差し引いて計算する方法です。正確な納税額を計算できますが、取引ごとに税率ごとの消費税を計算しなければならないため、複雑な計算が必要となり、手間もかかります。
簡易課税は、売上の消費税に業種ごとに定められたみなし仕入率をかけて、仕入税額を計算する納付額の計算方法です。仕入にかかった消費税を計算する必要がないため、事務負担が軽減されるとともに、納付額の予測がしやすくなる方法だといえます。
簡易課税制度を利用するにあたっては事前の届出が必要ですが、基準期間である2年前の課税売上高が5,000万円以下の事業者であれば、簡易課税方式での納付額の算出が認められています。
簡易課税制度は、仕入や経費の額が多い場合には税負担が大きくなるおそれがありますが、本則課税に比べると事務負担を大きく軽減できるというメリットがあります。初めて消費税の課税事業者となる個人事業主にとっては利用しやすい制度でしょう。
2割特例制度
2割特例制度とは、インボイス制度を機に課税事業者として登録したインボイス発行事業者が利用できる制度です。2割特例による計算を選択した場合、売上で預かった消費税額から売上で預かった消費税額の8割を差し引くことで、納付税額を計算できます。
仕入にかかった消費税の額を計算する必要がなく、業種に関わらず売上にかかった税額の2割を納付すればよいため、消費税の納付負担を大きく軽減できます。また、事前の届出が不要な点も2割特例のメリットです。ただし、個人事業主が2割特例を利用できるのは、2026年の申告分が最後となります。
3割特例制度
法人の場合、2割特例は2026年9月30日に終了する事業年度までが対象となります。その後は本則課税または簡易課税制度での計算が必要です。ただし、簡易課税制度を利用できるのは、課税売上高が5,000万円以下の事業者に限定されます。
一方で、個人事業主については2割特例が終了した後の2027年分、2028年分については、新たに3割特例の利用が可能です。3割特例は、売上で預かった消費税額の3割を納付する計算方法であり、2割特例と同様、消費税の申告と納付にかかる手間を軽減できます。
買い手側の負担を抑える経過措置
インボイス制度の開始に伴い、免税事業者との取引をしている課税事業者は、その仕入にかかる消費税の仕入税額控除ができず、納付負担が増大することとなりました。そのため、インボイス制度の導入から一定期間は、免税事業者からの仕入でも一定の割合の控除を認める経過措置が用意されています。
当初は、2026年9月末までは免税事業者との取引でも80%の仕入税額控除、その後2026年10月~2029年9月末まで50%の控除が認められており、そこで制度が終了する予定でした。しかし、令和8年度の税制改正によって免税事業者からの仕入のうち一定割合を控除できる経過措置は適用期限が2年間延長された上で、控除割合についても見直しが行われています。
現在のスケジュールでは、経過措置は次のように定められています。
・2026年10月~2028年9月末まで 70%の控除が可能
・2028年10月~2030年9月末まで 50%の控除が可能
・2030年10月~2031年9月末まで 30%の控除が可能
・2031年10月以降 経過措置終了
経過措置が延長されたことで、免税事業者である個人事業主との取引縮小ペースを見直す法人も出てくると考えられます。そのため、買い手側の負担を抑える経過措置ではありますが、経過措置が延長され、さらに控除割合が見直された点は、免税事業者である個人事業主にとっても大きなメリットになるといえるでしょう。
07まとめ
個人事業主として課税売上が1,000万円を超える可能性が高い場合や法人との取引が多い場合などは、経過措置が終了する前にインボイス発行事業者としての登録を検討したほうがよいでしょう。しかしながら、インボイス発行事業者に登録すると、自動的に消費税の課税事業者となるため、記帳時には税率ごとの仕訳が必要になり、事務負担は大きくなります。
クロスチェックでは、請求書の支払い代行サービスを提供しているほか、税区分にも対応した煩雑な記帳業務の代行を承っています。手間のかかる記帳業務を外部に委託すれば、インボイス発行事業者になっても本業に集中できます。 インボイス発行事業者となることで生じる事務作業の増加に懸念を抱いている場合は、面倒な記帳業務を代行するクロスチェックにご相談ください。
▶クロスチェックへの無料相談・資料請求はこちら
資料請求フォーム




